Il filesystem è diviso in molte parti: di solito insieme a root ci sono /bin , /lib , /etc , /dev che formano un singolo filesystem, e poi ce ne possono essere altri, come /usr con i programmi ed i dati che non vengono modificati, /var con i dati che vengono modificati (come i file di log), ed /home con i file personali dei vari utenti. A seconda della configurazione dell'hardware e delle decisioni dell'amministratore di sistema, la divisione può cambiare, e potrebbero essere anche tutti un singolo filesystem.
Il capitolo 3 descrive la struttura del filesystem piuttosto nel dettaglio: il Linux Filesystem Standard lo descrive in maniera ancora più dettagliata.