Fare il reboot significa avviare di nuovo il sistema, e si può ottenere facendo shutdown, togliendo la corrente e poi rimettendola. Un metodo più semplice è chiedere a shutdown di fare così, invece di spengere soltanto. Lo si può fare usando l'opzione -r di shutdown, ad esempio dando il comando shutdown -r now. La maggior parte dei sistemi Linux fanno shutdown -r now quando si preme ctrl-alt-canc sulla tastiera, in modo da riavviare il sistema. L'azione di ctrl-alt-canc è però configurabile, e spesso è preferibile inserire un ritardo in sistemi multiutente. Per sistemi accessibili a chiunque si può configurare ctrl-alt-canc in modo che non abbia nessun uso.