Il modo migliore per risparmiare spazio disco è evitare di installare programmi non necessari. La maggior parte delle distribuzioni hanno un'opzione per installare solo una parte dei pacchetti che contengono, e analizzando le vostre necessità potrete accorgervi di non aver bisogno della maggior parte di essi. Vi aiuterà a risparmiare spazio disco, dato che molti programmi sono piuttosto grandi. Anche se avete bisogno di un pacchetto o di un programma particolare, non è detto che vi servano tutti. Ad esempio può non essere necessaria della documentazione in linea, o dei file Elisp di GNU Emacs, alcuni font di X11, o alcune delle librerie di programmazione.
Se non potete disinstallare i pacchetti, potete provare a comprimerli. I programmi di compressione come gzip o zip comprimono (e decomprimono) file individuali o gruppi di file. Il sistema gzexe comprime e decomprime i programmi in maniera invisibile all'utente (i programmi che non vengono usati vengono compressi, e decompressi quando si usano). Il sistema sperimentale DouBle comprime tutti i file di un filesystem, in maniera invisibile ai programmi che li usano (se avete familiarità con prodotti come Stacker per l'MS-DOS, il principio è lo stesso).