Quando si scrive un file sul disco, non può sempre essere scritto su blocchi consecutivi. Un file che non è immagazzinato su blocchi consecutivi si definisce frammentato. Ci vuole più tempo per leggere un file frammentato, dato che la testina di lettura e scrittura del disco si deve spostare di più. È preferibile evitare la frammentazione, anche se è meno problematico in un sistema con una buona cache di buffer con il read-ahead.
Il filesystem ext2 tenta di mantenere la frammentazione al minimo, tenendo tutti i blocchi di un file vicini, anche se non possono essere immagazzinati in settori consecutivi. L'ext2 in effetti alloca sempre il blocco libero che si trova più vicino agli altri blocchi di un file. Per l'ext2, quindi, è molto raro doversi preoccupare della frammentazione. Esiste un programma di deframmentazione per un filesystem ext2: consultate [eAV] nella bibliografia.
Ci sono molti programmi di deframmentazione per MS-DOS che spostano i blocchi nel filesystem per rimuovere la deframmentazione. Per altri tipi di filesystem si deve fare un backup completo, ricreare il filesystem e recuperare i dati dai backup. Fare il backup prima di deframmentare un filesystem è comunque una buona idea, dato che molte cose possono andare storte nel processo.